Η Επιτροπή Κυπέλλου της ΕΠΟ, σε συνεργασία με την Επιτροπή Γ' Εθνικής, κατέληξαν στο χρονοδιάγραμμα της διοργάνωσης, προκειμένου να μην προκύψει πρόβλημα με τις αγωνιστικές του πρωταθλήματος. Και αυτό διότι, όπως προκύπτει, και οι αγώνες του Κυπέλλου θα γίνονται Κυριακή, κάτι που σημαίνει ότι μια Κυριακή κάθε μήνα θα υπάρχει διακοπή πρωταθλήματος για τους αγώνες Κυπέλλου. Οι πρώτες φάσεις της διοργάνωσης θα έχουν άμεση συνάρτηση με τον καταρτισμό των ομίλων του Πρωταθλήματος, ενώ τα παιχνίδια θα είναι νοκ άουτ.

Αναλυτικά οι ημερομηνίες του Κυπέλλου:
1η φάση: 15/9
2η φάση: 13/10
3η φάση: 17/11
4η φάση: 15/12
5η φάση: 26/1/2014
6η φάση: 23/2
7η φάση: 13/4