Ο Έκλστοουν χώρισε το 2009 με την Σλαβίκα Ράντιτς, σύζυγο του για 25 χρόνια και μητέρα δύο θυγατέρων του. Η πρώτη σύζυγος του, Άιβι, του χάρισε την πρώτη του κόρη.

Η Φλόσι, δικηγόρος στο επάγγελμα, μπήκε στη ζωή του το 2010: "Είμαστε αρραβωνιασμένοι επίσημα και δεν πρόκειται να είναι μακρύς ο αρραβώνας", είπε ο Έκλστοουν στην Daily Mail και πρόσθεσε: "Τα πηγαίνουμε εξαιρετικά καλά. Είμαστε μαζί εδώ και δύο χρόνια και το πράγμα δουλεύει επειδή η Φαμπιάνα έχει τρομερή αίσθηση του χιούμορ - και όταν ζεις μαζί μου πρέπει να έχεις αίσθηση του χιούμορ. Είμαστε πολύ χαρούμενοι και το θέμα είναι απλώς πότε θα παντρευτούμε, αν και δεν έχουμε ορίσει τόπο ή ημερομηνία ακόμα".

Formula 1