Οι διαπραγματεύσεις με τον Θανάση Παπαχατζή ναυάγησαν λόγω διαφοράς στο οικονομικό και ο Γκέκος χρήστηκε αντικαταστάτης του Βασίλη Φραγκιά.

Μετά από μία σπουδαία καριέρα σαν αθλητής ο Μηνάς Γκέκος υπήρξε προσωρινός προπονητής του Παναθηναϊκού το 1993 και το 1997.

Τη σεζόν 2005-06 ήταν βοηθός προπονητή στο Μαρούσι, ενώ έχει διατελέσει πρώτος προπονητής στον Έσπερο Καλλιθέας τον Απόλλωνα Πατρών και τον Πανιώνιο.

Στις 25 Ιανουαρίου 2010, η ΚΑΕ ΑΕΚ ανακοίνωσε την πρόσληψή του, στην θέση του Αργύρη Πεδουλάκη.

Ένα χρόνο αργότερα, και συγκεκριμένα στις 22 Ιανουαρίου ο Γκέκος υπέβαλλε την παραίτησή του. Τέλος, ο Γκέκος έχει εργαστεί στο παρελθόν ως ασίσταντ κόουτς σε ΑΕΚ, Παναθηναϊκό, Μαρούσι και Πανιώνιο.