Ο εκλιπών ανέλαβε τα «ηνία» της ομάδας το 1979 και διετέλεσε πρόεδρος της ΠΑΕ έως το 2000. Μέσα σε αυτό το διάστημα το «τριφύλλι» κατέκτησε έξι πρωταθλήματα (1983-84, 1985-86, 1989-90, 1990-91, 1994-95, 1995-96), εννέα κύπελλα (1981-82, 1983-84, 1985-86, 1987-88, 1988-89, 1990-91, 1992-93, 1993-94, 1994-95) και τρία Σούπερ Καπ (1987-88, 1992-93, 1993-94).

Παράλληλα, υπό την προεδρία του «Καπετάνιου» ο Παναθηναϊκός έφτασε δύο φορές στα ημιτελικά της κορυφαίας ευρωπαϊκής διασυλλογικής διοργάνωσης. Αρχικά, τη σεζόν 1984-85 οι «πράσινοι» αποκλείστηκαν στους «4» του Κυπέλλου Πρωταθλητριών από τη Λίβερπουλ, γνωρίζοντας ισάριθμες ήττες (σ.σ. 4-0 στο «Άνφιλντ» και 1-0 στο ΟΑΚΑ). Στη συνέχεια, την αγωνιστική περίοδο 1995-96 ο Άγιαξ «φρέναρε» στα ημιτελικά την... προέλαση του Παναθηναϊκού στο Τσάμπιονς Λιγκ εκείνης της χρονιάς. Το «τριφύλλι» άλωσε στο πρώτο ματς το Ολυμπιακό Στάδιο του Άμστερνταμ με το γκολ του Κριστόφ Βαζέχα στο 87ο λεπτό, ωστόσο στη ρεβάνς ο «Αίαντας» επικράτησε 3-0 στο ΟΑΚΑ και πήρε το «εισιτήριο» για τον τελικό.

Το 2000 αποχώρησε από την ενεργό διοίκηση, με τον ανιψιό του, Γιάννη Βαρδινογιάννη, να αναλαμβάνει τα διοικητικά ηνία.

Προφανώς όλες οι αθλητικές εφημερίδες σήμερα στα πρωτοσέλιδά τους, Live Sport, SportDay, Ώρα, Πρωταθλητής, ΦΩΣ, έχουν αναφορά στον Καπετάνιο:

"Το τελευταίο μπάρκο"! Σύσσωμος o αθλητικός Τύπος αποχαιρετά τον Καπετάνιο

"Το τελευταίο μπάρκο"! Σύσσωμος o αθλητικός Τύπος αποχαιρετά τον Καπετάνιο

"Το τελευταίο μπάρκο"! Σύσσωμος o αθλητικός Τύπος αποχαιρετά τον Καπετάνιο

"Το τελευταίο μπάρκο"! Σύσσωμος o αθλητικός Τύπος αποχαιρετά τον Καπετάνιο

"Το τελευταίο μπάρκο"! Σύσσωμος o αθλητικός Τύπος αποχαιρετά τον Καπετάνιο