Σε μια περίοδο που ο Παναθηναϊκός ακολουθούσε μια "μειωμένων δαπανών" πολιτική, ο Ζέλικο Ομπράντοβιτς το 2003 εισηγήθηκε την απόκτηση ενός 25χρονου Αμερικανού από τους Μέμφις Γκρίζλις.

Ούτε το βιογραφικό του αλλά ούτε και το στυλ του, έδιναν δείγμα γραφής για όλα όσα θα ακολουθούσαν.

Ο Μάικ Μπατίστ όμως έγινε ένας από τους καλύτερους παίκτες ρακέτας στην Ευρώπη. Βελτίωσε σε τρομακτικό βαθμό τα καλά στοιχεία του παιχνιδιού του και κατάφερε να έχει ρόλο κλειδί στην ομάδα του.

Με την ομάδα του Παναθηναϊκού έγραψε ιστορία, καθώς έγινε ο πρώτος Αμερικάνος παίκτης που κατακτά τρεις φορές την Ευρωλίγκα, ξεπερνώντας τον Μπομπ Μορς και τον Άντονι Πάρκερ. Υπήρξε ο κορυφαίος σέντερ στην Ευρώπη από το 2008 μέχρι το 2011 συνθέτοντας με τον φίλο του και συμπαίκτη Δημήτρη Διαμαντίδη, ένα από τα καλύτερα δίδυμα pick and roll στην ιστορία του ευρωπαϊκού μπάσκετ, όπως έχει δηλώσει και ο πρώην προπονητής τους στον Παναθηναϊκό, Ζέλιμιρ Ομπράντοβιτς. 

Το 2010 πραγματοποίησε μια πολύ καλή χρονιά και αναδείχτηκε MVP του ελληνικού πρωταθλήματος, μέλος της καλύτερης πεντάδας και MVP των ελληνικών τελικών που βρήκαν τον Παναθηναϊκό πρωταθλητή. 

Το 2011 κατέκτησε την Ευρωλίγκα για τρίτη φορά και βρέθηκε στην καλύτερη πεντάδα της διοργάνωσης, ως ο καλύτερος σέντερ. Ο Μπατίστ είναι πρώτος στην ιστορία της Ευρωλίγκα στα δίποντα, σε προσπάθειες με 1.613 και εύστοχα με 949. Επίσης είναι πέμπτος σκόρερ με 2.496 πόντους και έβδομος ριμπάουντερ με 1.117. Σε αυτά τα εννέα χρόνια, κατέκτησε επίσης 8 Πρωταθλήματα Ελλάδας και 6 Κύπελλα.

Το καλοκαίρι του 2012 άφησε τον Παναθηναϊκό μετά από 9 συνεχόμενες σαιζόν αφού αρνήθηκε την πρόταση του Παναθηναϊκού για ανανέωση και υπέγραψε συμβόλαιο με την τούρκικη Φενερμπαχτσέ, με την οποία κέρδισε ένα κύπελλο Τουρκίας το 2013. Στην επιστροφή του στο ΟΑΚΑ ως αντίπαλος του Παναθηναϊκού, έτυχε θερμής υποδοχής από τους φιλάθλους και βραβεύτηκε από τον Παύλο Γιαννακόπουλο, ιστορικό ηγέτη της ΚΑΕ.

Το καλοκαίρι του 2013 επέστρεψε στον Παναθηναϊκό, μετά από ένα χρόνο απουσίας, καθώς συμφώνησε να κλείσει την καριέρα του στην ομάδα που με την οποία καθιερώθηκε, κατακτώντας μάλιστα το νταμπλ (Πρωτάθλημα και Κύπελλο 2014).